朱由检发泄一通，告诫群臣用心做事之后，选择见好就收，不引起更大的反弹。
接下来他和群臣议定，明确漕运总兵和漕运总督的职责。并且在下面设立三个协同督运参将和护军都尉，分别负责北直隶、山东、南直隶境内河段。
对于三个参将，朱由检具体要求道：
“三个参将要从漕军中挑选精兵，建立至少六千人的参将营。”
“将来南北直隶、山东、河南等临近运河的地方发生变乱，朝廷第一个要调遣的，就是这三个参将营。”
“以后他们要以运河为依托，训练快速机动能力。”
把运河当做后世的铁路看待，朱由检不但没有废弃，还加强了漕运衙门的权力。设立独立的税务司、廷尉署、卫尉署等机构，负责税收和司法执法工作。
并责令兵部尚书袁可立为三个参将营划定防区，制定地方出现变乱时的调兵顺序。设立航运公司，安抚和漕运有关的利益集团：
“海运和漕运虽有竞争，却不是你死我活的关系。”
“纵然以后海运成熟了，运河也不可能被废弃。”
“它的作用不止是运粮，还有调兵、运货、运人等用途。”
“漕运衙门以后要设立运河航运集团，和沿途卫所合作成立航运公司。”
“漕粮削减后的运力，运河航运集团可自主经营，和下属航运公司分享利益。”
这个决定，让一些和漕运有关联的官员，顿时喜形于色。
因为漕运最大的运力，都用在运输漕粮。负责漕运的官员纵然想夹带，也不敢肆无忌惮地侵蚀漕粮运力。
如今皇帝把漕粮削减后的运力让出来，让他们成立公司自主经营。这对所有和漕运有关的官员来说，都是一件大好事。
代表着他们的夹带从地下走上台面，可以光明正大地使用漕运。
而且运河沿线设立的三个参将营，也表明了皇帝的态度——
为了南北直隶和山东、河南的安稳，运河也不可能被废弃。
这让很多支持漕运的官员放下了心，转而拥护海运。毕竟海上能运输的粮食越多，漕粮运力就能更多地空出来。
可以说这个时候，海运真正的成为朝堂共识，再无丝毫阻力。
尤其是工部的官员，他们最支持漕粮转为海运。以前为了保住漕运，他们在治河时有很多顾虑。如今皇帝虽然明确运河会继续保留，但是运货运人等事，到底不如漕粮紧要。他们在治河的时候，就有更多的发挥空间。
所以群臣你一言我一语，纷纷在朝堂上，表态支持海运。