既然提到了尚方剑，为了避免像历史上那样发生袁崇焕擅自斩杀毛文龙的事情，朱由检明确道：
“尚方剑只用于战时，总兵以下不用命者得以军法从事。”
“总兵若不听命可当场解职，令副总兵暂代。”
“平时非战时、非紧急状态不得用尚方剑，违犯军法交卫尉署羁押、军事法庭审判。”
“用尚方剑斩杀或羁押人员要有记录，军事法庭后续审判定案。”
对尚方剑施加了很多限制，朱由检不觉得平时需要用尚方剑，甚至只要上下能够理顺，战时用尚方剑的可能也不大——
这东西更多的是显示皇帝的信重，代表着节制诸将的权限。
命袁可立制定具体条款，规定可以用尚方剑处理的权限，袁可立询问道：
“辽东督师、辽东提督、辽东护军使都有尚方剑。”
“若是三人同时在场，应该如何决断？”
朱由检思考了一下，说道：
“同时存在的尚方剑，以官阶最高的有效力。”
“辽东督师、辽东提督、辽东护军使共同在场时，按顺序依次排列。”
“辽东督师在场，那就由辽东督师决断。”
“辽东督师不在、或者无法视事，那就由辽东提督决断。”
“辽东督师和辽东提督都不在，就由辽东护军使决断。”
“如果是战时，可以代表朕把尚方剑临时授权给总兵，由总兵担任前线总指挥，节制其他将士。”
划定指挥顺序，朱由检又觉得这样有些粗疏，说道：
“按照以往功劳任命总兵、副总兵等武将，为他们授予勋级散官加衔。”
“平时各军要拟定指挥顺序，明确接替顺序。前一指挥人选阵亡或无法视事时，由后一位接替。只要军队人数在百人以上，至少要拟定五位指挥人选。”
“各军合兵之时，如果上级没有明确交待指挥人选。那就以职位高者指挥职位低者，职位相同比较勋级，勋级相同比较散官，散官相同比较加衔。”
“总之，各军要上下分明，令行禁止，不得推诿误事。”
这是军队指挥体系的大调整，袁可立虽觉得这样上下分明，不至于战时没有领头人。但是军中推诿、观望的事情，不是一时半会儿能够改变。
甚至，因为合兵之后指挥明确，一些军队有可能远远观望，干脆不去合兵。
对于这个问题，朱由检的办法就是设置各级护军，让护军逼迫总兵、副总兵等武将，必须执行军令：