1865年5月30日凌晨七更，江户神树废墟。
战火熄灭，晨光透过尘霭洒落在焦黑的地面上，辉夜已被度化，战争也终于画下了句点。
剩下的，是秩序的恢复，是代价的清算。
宇智波一族的败北，标志着这场跨越世界、贯穿人类与神明的动乱终于结束。
因陀罗重伤被封，宇智波斑沉默不语，止水、鼬、泉奈、带土、佐助等幸存者低头立于众神与各国将领面前。
山本元柳斎重国手持天封之印，庄严宣告：
“宇智波一族虽曾为木叶之柱，但此番罪大滔天，弑君篡权，祸乱天下，天地人三界共裁，废其血脉神通，自今日起，永弃写轮之力。”
众人静默，只有风吹过满地尸骨的声音。
鸣人低头，眼中复杂之色难掩。
他望向佐助。
佐助没有说话，只是低声问了一句：
“……你恨我吗？”
鸣人摇头：“我恨你不回来。哪怕你回来的代价，是悔过。”
佐助转身，淡淡开口：“木叶……已经不再是我能回去的地方。”
随后，宇智波一族在众目睽睽下被施以封眼术，他们的写轮眼化为普通的黑瞳，从此失去一切异能。
他们的身躯也被施加了来自灵界、天庭与忍界三方的神咒封印，终身不得再使用查克拉、灵力、术法。
三界会盟签署法令——
宇智波一族被永久流放至琉球群岛。
他们不得再踏足日本本土，也不得介入江户政局，更不受木叶村保护。
这是他们罪行的代价。
当流放之船缓缓启程，佐助在甲板上望向远方的富士山，他闭上双眼，没有回头。
岸边的鸣人久久未语，最终只是一声叹息。
“再见了，佐助。”
战后安置也随之展开——
尸魂界的护廷十三队在山本总队长号令下，返回灵界，关闭了此次下界之门；
木叶忍者在卡卡西的带领下，清点伤亡后集体回归木叶村；
九国联军撤军，各国使者也带着外交议案随船返国；
清军亦在奕的主持下撤回中国，曾国藩的衣冠冢立于江户南城，由日军亲自守护；
天庭诸神也踏回云路，重返三十三重天，哪吒一言未发，杨戬只留下一句：“若世间再有不义，唤我即可。”孙悟空也回去花果山。
而唯一留下悬念的——便是天地会。
在陈达死后，天地会群龙无首，他们既曾援助维新，又是清廷通缉的乱党。伊藤博文暂时将处理事务搁置，表示：
“当下之急，是重建朝纲。”
江户城恢复的首要议题，便是“政权归属”。
孝明天皇驾崩、德川家灭，举国无主。
在众人建议下，伊藤博文、山县有朋、西乡隆盛、木户孝允、大久保利通等维新元老决定设立“临时总议政局”，以天皇遗诏为凭，暂代朝政。
同时也在酝酿——选立新天皇或创立新政体的计划。
正午时分，维新政府于江户南台召开誓师大会，宣布：
“日本战乱已平，诸神退隐，维新之道，唯靠众志。今起重整纲纪，恢复秩序，清理余孽，重立国本。”
而绯村剑心、坂田银时、旗木卡卡西、迈特凯、春野樱、鸣人等人，则被授予“维新守护勋章”，并将在休整之后，协助全国重建。
在江户外城某处墓园，众人祭拜了黄飞鸿、斋藤一、陈达、坂本龙马等英雄的英灵。
“这场战争，是他们用命换来的和平。”
剑心望着那飘扬的白幡，缓缓低头。
太阳终于升起在战后的江户之上。