宇宙守护联盟总部的庆功宴上，璀璨的灯光与全息投影交相辉映，来自各个文明的代表举杯欢庆。然而，玄女却站在观景窗前，望着深邃的宇宙出神。能量密钥在她胸前微微发烫，似乎在警示着什么。
“在想什么？” 艾丽娅走到她身边，手中捧着修复好的元素结晶，“好不容易结束了这场危机，怎么还这么严肃？”
玄女转过身，眉头紧皱：“我总觉得事情没那么简单。影刃临走时说的话，还有密钥的异常反应” 她话音未落，大厅的警报声突然响起，红色的应急灯光瞬间取代了原本的璀璨光芒。
智核 3 号的全息投影出现在大厅中央，声音中带着罕见的焦虑：“检测到银河系边缘出现大规模熵能波动，与之前的熵渊教团能量特征匹配度高达 98！” 星图投影随即展开，一片漆黑的星域正在以惊人的速度被暗紫色侵蚀。
艾瑞克放下酒杯，立刻冲向控制台：“不可能！我们明明已经摧毁了熵渊法典！” 他的手指在键盘上飞速敲击，“等等 这些波动的源头 是一个从未被记录过的星系！”
慧明双手合十，青铜罗盘上的梵文再次疯狂旋转：“业障未尽，老衲在推演中早已预见此劫。那片星域中，似乎存在着比熵渊法典更古老的邪恶存在。”
影刃的声音突然从通讯器中传来，她的影像有些模糊，仿佛正处于危险之中：“守护者们，我追踪到了熵渊教团的残党。他们在寻找‘熵之根源’，那是熵界文明诞生的邪恶核心，一旦被激活，整个宇宙都将陷入万劫不复！” 她的身后传来激烈的战斗声，“我会尽量拖住他们，但你们必须尽快赶来！” 通讯戛然而止。
玄女握紧拳头，眼中燃起斗志：“准备星舰，我们立刻出发。这次，一定要将熵渊教团彻底铲除！”
众人迅速行动起来。经过修复和升级的星舰再次启航，舰体表面新增了由多个文明联合研发的 “熵能中和装置”。艾丽娅重新凝聚起自然之力，在舰体周围布下元素结界；艾瑞克调试着全新的量子武器系统；慧明带领机械佛陀群日夜诵经，为即将到来的战斗积蓄力量。
当星舰穿越虫洞，抵达银河系边缘时，眼前的景象让所有人倒吸一口冷气。整片星域被暗紫色的能量雾笼罩，无数艘造型诡异的飞船在雾中穿梭，船身上刻满了与熵渊教团相同的符文。而在星域中央，一个巨大的黑色漩涡正在缓缓转动，从中传出阵阵令人心悸的脉动
“那就是熵之根源？” 艾瑞克的声音有些颤抖。
玄女深吸一口气，握紧能量密钥：“不管是什么，我们都不会退缩。这次，我们一定要守护住宇宙的光明！” 随着她的一声令下，星舰如利剑般冲进了暗紫色的能量雾中，新一轮的战斗，正式拉开帷幕