很久以前，五号堡是一座军事科研基地。
原久之前的冷战时期，这片区域的地下被挖空，建成了一个庞大的地下建筑群。地上部分是伪装——几栋不起眼的仓库、一座小型发电站、一排士兵宿舍。地下部分才是真正的核心，有实验区、培养区、动物房、冷库、焚烧炉，还有一套独立的核能供电系统。走廊四米宽，天花板三米高，墙壁是六十厘米厚的钢筋混凝土，表面涂着银灰色的防辐射涂料。通风管道里永远有风在吹，恒温恒湿，二十摄氏度，百分之五十的湿度。
军方在这里研究生物武器、神经毒剂、基因编辑技术，项目代号和具体内容随着核弹的落下一起被埋进了废墟。
核战后，这片区域被辐射尘覆盖了将近三十年。等到辐射水平降到人能进入的程度，已经是新历十年以后的事了。联合政府派人来勘察，发现地下的实验室大部分还完好，通风系统、供水系统、备用电源都在运转，那套核能供电装置甚至还能再撑二百年。于是决定把这里改造成一下，继续科研，用来研究新世界的科技和核战后出现的变异生物。
新历三十年，五号堡正式启用。
改造工程由政府科技部主导，具体执行者是五号堡的第一任负责人，一个叫山本一郎的科学家。山本在核战前就是生物武器领域的研究员，战后被收编，成了联合政府的科研骨干。他按照要求，在五号堡原有的基础上增加了新的实验设备、生物样本库、武器研发中心，还建立了一套完整的自动化防御系统。
防御系统的核心是一台军用计算机，连接着地下各个区域的传感器、摄像头、电磁脉冲发生器和毒气释放装置。毒气系统是山本研从政府军火库里翻出来的——一种代号为“VX-7”的神经毒气，无色无味，通过通风管道释放，吸入后三十秒内会导致呼吸肌麻痹，两分钟内死亡。这种毒气在旧世界时期就被国际公约禁止使用，但在末日之后，没有人会在意了。
山本在五号堡的每个通风管道接口处都安装了毒气释放装置，一共四十七个，覆盖了地下所有区域。如果有人从地面强行进入，防御系统会按照预设的程序自动反击——先释放VX-7神经毒气，再用隐藏的自动武器扫射，最后启动电磁脉冲摧毁入侵者的电子设备。
隐藏自动武器是旧世界军方留下来的另一笔遗产。在山本接手五号堡的时候，地下走廊的墙壁里就已经预装了自动武器站——每一百米一个，隐藏在墙壁的夹层里，平时被银灰色的防辐射涂料覆盖，看不出来。武器站里装的是7.62毫米口径的六管旋转机枪，由计算机控制，能自动识别入侵者并开火。弹链连接到地下三层的弹药库，每个武器站配备了一千发子弹，足够连续射击两分钟。山本一郎测试过这些武器站，四十七个中有四十一个还能正常运转，剩下的六个因为电路老化已经失效了。他把失效的那六个标注在防御系统地图上，然后从弹药库里拆下它们的机枪，装在更重要的区域。
但五号堡最强的防御不是这些，而是它的伪装。
山本亲自设计了地面部分的伪装方案。他让人把地上残留的建筑全部拆掉，在废墟上堆满了碎砖、烂瓦、锈蚀的钢筋和碎裂的混凝土，有些地方还浇铸了假的弹坑，埋了假的辐射废料桶，甚至种了几丛只有在高辐射环境下才会生长的变异荆棘草。从远处看，这里和戈壁上任何一片被核弹犁过的荒地没有任何区别。
政府的逻辑很简单——让所有人都以为这里什么都没有，让所有人都绕道走。在末日之后的世界里，一片真正的废墟不会引起任何人的兴趣，而那些试图寻找旧世界遗物的人，在看到这片荒凉之后也会掉头离开。
五号堡的地下建筑群一共有一百四十层，从地面向下延伸七百米。最上面的二十层是生活区和办公区，住着研究员、技术人员、行政人员和他们的家属。中间四十层是实验室和培养区，包括生物实验室、化学实验室、武器研发中心、动物房和植物培养室。再往下四十层是仓储区和设备区，存放着旧世界遗留的物资、备用零件、燃料和弹药。最下面的四十层是禁区——核心实验室、阻断神秘生物巢穴的入口，以及冯·诺门后来建立的半机械改造中心。
但一百四十层的结构图只是五号堡的官方版本。实际上，这片地下区域的复杂程度远远超过任何一张图纸所能描绘的。
工程师在建造五号堡的时候，遇到了一个棘手的问题——这片区域的地下岩层布满了天然溶洞和裂隙。有些溶洞是数百万年前地下河冲刷形成的，蜿蜒曲折，分支无数，像一棵倒长的树，根系深入地下上千米。有些裂隙是地震造成的，把原本完整的岩层撕开了一道道口子，有的窄得只能伸进去一只手，有的宽得能开进去一辆卡车。
工程师们在建造地下建筑群的时候，不得不绕开这些天然通道，或者在某些地方用钢筋混凝土把它们封堵起来。但封堵并不彻底——有些溶洞只是被铁栅栏挡了一下，有些裂隙只是被一块钢板盖住了事，有些地方干脆就着天然的空洞改造成了储藏室或设备间。
这就导致了五号堡的地下结构出现了两个完全不同的系统。一个是官方的、整齐的、有图纸的——走廊横平竖直，房间方方正正，层与层之间有明确的界限，每一层的功能都清清楚楚地标注在档案里。另一个是非官方的、混乱的、没有图纸的——溶洞连着裂隙，裂隙通着暗河，暗河旁边又有工程师们留下的维修通道，维修通道又和废弃的通风管道连在一起，通风管道再往下，又钻进了另一条天然溶洞。
这两个系统在某些地方是连接在一起的——一扇不起眼的铁门，一块松动的地板，一个被遗忘的通风口，都可能通往地下那个巨大的、迷宫般的天然网络。
新历三十年到五十年间，五号堡的研究员们偶尔会在地下深处听到一些奇怪的声音——低沉的轰鸣声，像是有什么东西在岩层里移动；尖锐的摩擦声，像是金属在石头上刮过；还有时断时续的、像电流一样的嗡嗡声。
有人说是地下水，有人说是地震，有人说是设备老化产生的噪音。
守卫部队的巡逻队偶尔也会在禁区边缘发现一些不该存在的东西——通风管道栅栏上新鲜的刮痕，地面上不属于人类的脚印，墙壁上莫名其妙的金属碎屑。
有一次，一支巡逻队在地下八十七层的一条废弃通道里发现了一具尸体。那具尸体已经干瘪了，穿着五号堡研究员的制服，经查，失踪日期是新历四十七年，距离被发现已经过去了四十多年。尸体的旁边有一个撬开的通风管道栅栏，栅栏上有抓痕——不是从外面抓的，是从里面抓的。巡逻队的队长在当天的报告里写下了“建议封堵该区域所有废弃通道”，这份报告被送到了山本的办公桌上，山本看了之后，签了个“已阅”，然后锁进了抽屉里。
守卫部队的编制是一个加强团，由政府科技部直接管辖，有三个步兵营、一个技术连、一个装甲排。步兵营负责地面和地下各层的警戒巡逻，每个营分成四个连，每个连负责大约三十五层。
巡逻路线是山本亲自设计的，每条路线覆盖固定的区域，每两个小时走一圈。技术连负责维护自动化防御系统和武器站，定期检查VX-7毒气释放装置的压力值、机枪的供弹机构、传感器的灵敏度。装甲排配备了六辆轻型装甲车，停在地下二层的车库里，随时可以出动。
守卫部队的巡逻很少进入禁区最深处的那四十层。山本在那些区域的入口处设置了警戒线，挂上了“未经授权严禁进入”的牌子，告诉守卫部队那些地方有遗留的放射性物质，进入会有生命危险。守卫部队的士兵们信了，因为他们确实在那些区域的入口处测到了超标的辐射值。
整个五号堡在新历三十年到五十年的发展时期，总人口超过十万人。其中研究员和技术人员约有三千人，军队和守卫部队约有五千人，剩下的都是家属和后勤人员。三千名研究员中，只有不到两百人有权限进入最下面四十层的禁区。这两百人又被分成不同的等级——最外层的研究员只能进入前二十层，负责基础数据的采集和整理；中间层的研究员可以进入再往下的十层，接触部分核心资料；最核心的十几个人，包括山本一郎和他的几个亲信，才能进入最下面的十层，看到真正的秘密。至于最下面那十层里到底有什么，就连很多核心研究员都不清楚。
新历八十一年，冯·诺门从二号堡来到五号堡。
调令是元老院直接下的。理由是五号堡正在进行一项秘密的军事科研项目，需要他的专业能力。他到达的那天，山本一郎亲自到升降梯口接他。
山本那时候已经七十多岁了，头发全白，脸上全是皱纹，但眼睛还很亮。他带着冯·诺门参观了五号堡的地下设施——实验区、培养区、动物房、冷库、焚烧炉，最后把他带到了一间位于地下最深处的实验室门口。实验室的门是钢制的，有半米厚，门上写着“核心资料·最高权限”。
他告诉冯·诺门，这间实验室里存放着军方核心研究资料。这些资料是联合政府从其他地方收集过来的，包含了生物武器、神经毒剂、基因编辑技术的完整数据。但大部分资料都是断档的——不是被加密了，就是缺了关键的几页，或者是用旧世界的某种特殊编码写的，五号堡的研究员们花了二十年的时间都没能完全破译。
冯·诺门的任务，就是破译这些资料，并在此基础上推进一项代号为“战士”的秘密项目。
“战士”项目的内容很简单——提升军人的战斗力。
不是通过训练，不是通过装备，而是通过基因改造。元老院想要一批超级士兵，比普通人更强壮、更快速、更耐打、更听话。来五号堡的任务就是找到实现这个目标的方法。